São diversas as vantagens da utilização de medicamentos manipulados, especialmente pela personalização que se permite, desde a escolha da forma farmacêutica até a definição de uma dosagem exata necessária para um tratamento efetivo, com ampla interação entre médico, farmacêutico e paciente. Esse nível de pessoalidade contribui, inclusive, para maior adesão aos tratamentos, reduzindo as interrupções.

Outra vantagem importante é a possibilidade de associação de medicamentos numa única forma farmacêutica, trazendo mais conforto, praticidade e amenizando efeitos colaterais dos medicamentos (diminuindo, por exemplo, os problemas estomacais decorrentes do consumo excessivo de comprimidos). Além disso, não são usados conservantes, excipientes ou solubilizantes muito comuns na indústria farmacêutica, que podem desencadear reações alérgicas. A manipulação de medicamentos pode ser feita sem estes aditivos quando solicitado.